Федеральное государственное бюджетное учреждение науки "Научный центр биомедицинских технологий Федерального медико-биологического агентства" (ФГБУН НЦБМТ ФМБА России) организовано в соответствии с Постановлением 11(74) сессии Общего собрания РАМН «Медицинские проблемы биобезопасности», в целях развития биологической медицины, экспериментального биомоделирования, противодействия биотерроризму и создания новых средств биозащиты, постановлением Президиума РАМН от 29 мая 2002 года.

Учреждение передано в ведение Федерального медико-биологического агентства распоряжением Правительства Российской Федерации от 28.01.2013 №62-р, переименовано приказом Федерального медико-биологического агентства от 28.01.2013 №2у в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Научный центр биомедицинских технологий Федерального медико-биологического агентства».

Приказом ФМБА России № 23л от 22.01.2026 года исполняющим обязанности директора Центра назначен Кирилл Владимирович Тяжев.